Bei den Abrechnungsarten der Mehrwertsteuer unterscheidet man danach, ob einerseits die eingegangenen Zahlungen oder die Rechnungen an Kunden relevante Bezugsgrösse darstellen sollen (Art. 39 Abs. 1 oder 2 MWSTG).

Stellen die Rechnungen an Kunden relevante Bezugsgrösse dar, spricht man von der Abrechnung nach vereinbartem Entgelt. Diese auf der Buchhaltung basierende Abrechnungsmethode wird von den meisten Unternehmen gewählt. Negativ auswirken kann sich die Tatsache, dass bei einem verspäteten Zahlungseingang, also beispielsweise nach 120 oder mehr Tagen, und dennoch die Steuer geschuldet ist. Gleich verhält es sich mit der Geltendmachung der Vorsteuer.

Demgegenüber besteht die Möglichkeit der Abrechnung nach dem vereinnahmten Entgelt, welche aber nur für sehr kleine Unternehmen Sinn macht. Wurde dieses System gewählt, so ist in erster Linie der Zahlungszeitpunkt für die Berechnung der Steuerschuld relevant. Wichtig dabei: Für diese Abrechnungsart muss eine Bewilligung bei der Eidgenössischen Steuerverwaltung eingeholt werden.